Um levantamento nas contas da Apufsc, realizado nos primeiros meses de 2007, revelou que, por uma falha na orientação à Tesouraria da Seção Sindical, esta vem repassando valores a mais para o Andes-SN desde 1993.
Pelo estatuto do Sindicato Nacional, as seções sindicais devem repassar 20% de sua arrecadação com sindicalizados ao Andes-SN. Ocorre, no entanto, que em 1993, durante uma paralisação da categoria, uma Assembléia da Apufsc aprovou a criação de um fundo de greve, elevando-se a mensalidade de 1% para 1,1% da remuneração dos professores filiados à entidade.
Este 0,1%, destinado ao fundo de greve, não deveria entrar no cálculo do repasse ao Andes-SN, mas, por erro da Apufsc, passou a fazer parte da conta. Constatado o erro, a direção da Seção Sindical fez um levantamento do montante transferido para o Andes.
O período inicialmente analisado compreende os meses entre janeiro de 2001 e dezembro de 2006. Constatou-se que o repasse indevido de 22% da arrecadação em vez dos 20% corretos fez com que a Apufsc contribuísse com o equivalente a 7,2 meses a mais de repasse nos 72 meses do período analisado.
A Seção Sindical suspendeu o repasse no mês de março e posteriormente enviou ofício ao Andes-SN, informando o erro e propondo negociação. No dia 10 de maio, o Sindicato Nacional informou que estava disposto a negociar a diferença paga a mais, mas solicitou que a Apufsc retome o pagamento para depois negociar a forma do ressarcimento. A diretoria da Apufsc, reunida no dia 24 de maio, decidiu restabelecer o pagamento tão logo esclareça qual o valor a ser ressarcido.