Desde que se tornou sindicato autônomo e independente, a Apufsc-Sindical vem lutando na Justiça para que o Sindicato Nacional dos Docentes das Instituições de Ensino Superior (Andes) deixe de representar os professores das Universidades Federais em Santa Catarina. São quatro processos em andamento e, até o momento, todos os julgamentos foram favoráveis à Apufsc.
Na primeira ação, a Apufsc requer que o Andes retire do seu estatuto social a base territorial os docentes das Universidades Federais de Santa Catarina. A ação foi julgada procedente e confirmada pelo Tribunal Regional do Trabalho (TRT). O processo encontra-se no Tribunal Superior do Trabalho (TST), com agravo do instrumento do Andes, que ainda não foi julgado.
Outro processo é para que o Andes deixe de invadir a base territorial da Apufsc. A sentença também foi favorável e confirmada pelo TRT. No momento a ação encontra-se no TST, em grau de instrumento interposto pelo Andes.
A terceira ação refere-se ao mandado de segurança impetrado pelo Andes contra o registro sindical da Apufsc. O processo já teve decisão favorável à Apufsc e está na Vara do Trabalho de Brasília.
O Andes também entrou na Justiça para anular a Assembleia Geral dos professores, realizada em setembro de 2009, que aprovou a desfiliação da Apufsc do Sindicato Nacional. O juiz do Trabalho, Armando Luiz Zilli, da 1ª Vara do Trabalho de Florianópolis, julgou improcedente a ação e encontra-se em grau de recurso.