A formação do acervo do Museu Universitário é vinculada à antropologia. Há coleções etnográfica, indígena, arqueológica, de artes e ofícios, com peças originárias de várias regiões brasileiras, com boa documentação e valor acadêmico.
A Coleção Arqueológica abrange artefatos, ecofatos e sepultamentos provenientes de ocupações pré-coloniais do território catarinense, totalizando aproximadamente 20 mil peças, que inclui cerâmica Marajoara, da região amazônica, com alguns vasilhames cuja altura ultrapassa um metro que pertenceu ao Museu Tom Wildi, que funcionava no Centro de Florianópolis.
A Coleção Etnográfica Indígena abrange artefatos de diferentes naturezas produzidos por povos Guarani, Kaingang e Xokleng de Santa Catarina, Tikuna da Amazônia, Bororó, Karajá e de outros povos do Brasil Central.
A Coleção de Artes, de autoria de Franklin Cascaes, é integrada por desenhos sobre papel e de conjuntos escultóricos. No que se refere à Coleção de Ofícios, destaca-se a renda de bilro.
Do acervo documental, referente às pesquisas arqueológicas e etnográficas, produzido durante mais de quatro décadas, há a Coleção Iconográfica de autoria do antropólogo Sílvio Coelho dos Santos, reunida a partir de suas pesquisas entre povos indígenas de Santa Catarina e da Amazônia, principalmente na década de 1960.
As coleções científicas do Museu, por seu significado singular e pela diversidade de origens e naturezas, podem interessar a mais de uma das estruturas curriculares de estudiosos, como fonte de elaboração de problemáticas e desenvolvimento de pesquisas. Há décadas elas vêm sendo estudadas por pesquisadores de instituições de ensino superior do Brasil e do exterior.